Tra i gioielli conservati a Santa Maria in Organo meritano una particolare attenzione le incredibili tarsie presenti nel coro ligneo e sugli armadi della sagrestia. Realizzate tra la fine del XV e gli inizi del XVI secolo dal Frate Giovanni da Verona, raffigurano con certosina maestria paesaggi urbani (di Verona e della città ideale), allegorie, nature morte, oggetti comuni e d'uso liturgico. Superbo anche il candelabro del cero pasquale, opera in noce dello stesso autore ed alto quasi quattro metri, in cui sono intarsiati delfini, sfingi e immagini di santi.